ほぼ九州全域を島津氏が支配するようになった際、豊後国（現、大分）の大友宗麟は豊臣秀吉に助けを求めた。天正13(1585)年に四国の長曽我部元親（ちょうそかべもとちか）を降伏させた秀吉は、関白の権限を用いて島津氏に九州停戦令（惣無事令［そうぶじれい］）を出す。しかし、島津氏は秀吉を「由来なき仁」としてこれを拒否した。
天正14(1586)年に豊臣軍先鋒として土佐国（現、高知）の長曽我部元親・信親（のぶちか）父子らが九州に上陸。これを島津義久の弟、家久が迎え撃ち大打撃を与えた（戸次川［へつぎがわ］の戦い）。この後、島津軍は宗麟を臼杵（うすき）城に追い詰めたが、天正15(1587)年、秀吉とその弟、豊臣秀長（ひでなが）が本格的に島津攻めを開始すると、徐々に島津軍は後退した。九州北部の領主たちが離反し、日向国根白坂（ねじろざか、現宮崎県木城町）にて豊臣軍との決戦に敗れると、島津軍は各地で降伏する。義久は剃髪し、川内の泰平寺にて秀吉に降伏した。これによって九州全域を支配していた島津家は薩摩・大隅両国と日向国諸県郡（もろかたぐん）のみの所領へと削減されることになった。